Madrasah Aliyah (MA) Tahfidh Annuqayah yang diresmikan pada tahun 2006 merupakan perkembangan lebih lanjut dari Madrasah Aliyah Keagamaan (MAK) Annuqayah, yang berdiri pada tahun 1997. Madrasah ini merupakan wujud kepedulian Pondok Pesantren Annuqayah dalam merespon keluhan masyarakat tentang semakin lemahnya kemampuan alumni Pondok Pesantren Annuqayah dalam bidang agama, khususnya penguasaan ilmu-ilmu al-Qur'an dan kitab kuning. Pengembangan potensi siswa dalam hal membaca, memahami dan mengamalkan khazanah keilmuan Islam sebagaimana termaktub dalam kitab-kitab klasik yang telah berabad-abad menjadi ruh kurikulum pesantren menjadi focus kegiatan kependidikan di Madrasah ini. Ilmu-ilmu umum juga tak lepas diajarkan sebagai penunjang dan penyeimbang pengetahuan agama.
Kilas Balik MAT
Madrasah Aliyah Keagamaan (MAK) Annuqayah didirikan pada tanggal 1 Juli 1997 dengan terbitnya surat idzin pendirian dari Kanwil Departemen Agama Provinsi Jawa Timur nomor: Wm. 06.04/PP.03.2/4333/1997 tertanggal 23 Desember 1997, kemudian berdasarkan surat keputusan kepala kantor wilayah departemen agama provinsi jawa timur nomor: Kw. 13.4/4/PP.03.2/10141/2006, tanggal 7 April 2006 berganti nama menjadi Madrasah Aliyah Tahfidh (MAT) Annuqayah.
Madrasah ini juga merespon kebutuhan agama, ditengah arus formalisasi pendidikan yang merambah hamper keseluruh aspek kehidupan. Dengan tetap berpijak pada penekanan pendidikan keagamaan yang serius dan mendalam, sehingga para siswa tidak kehilangan pengakuan prestasi belajar secara formal dan dapat melanjutkan ke jenjang pendidikan keagamaan yang lebih tinggi, baik dalam maupun keluar negeri
Madrasah Aliyah Tahfidh (MAT) Annuqayah berada di bawah naungan yayasan Annuqayah, yang kalender pendidikannya disamakan dengan Madrasah Aliyah Negeri, dari awal titik berat mata pelajaran menerapkan 75% pelajaran agama, yang menargetkan mencapai 85% pelajaran bisa diserap oleh siswa, hal ini berkat usaha keras dalam kegiatan pembelajaran yang melibatkan 23 Guru dan karyawan yang profesional.